日本書紀巻27に「夏四月癸卯朔壬申 夜半之後 災法隆寺
一屋無餘」（天智天皇9年・670年に法隆寺は一屋余すところなく焼失した）という記事がある。この記事の真偽をめぐって、現存する法隆寺西院伽藍は聖徳太子創建時のものであるとする説と、
670年に全焼した後、再建したものであるとする説とが鋭く対立し、いわゆる「再建・非再建論争」が起きた（くわしくは後述）。なお、発掘調査や建築用材の伐採年代の科学的調査などの裏付けから、現存する法隆寺西院伽藍は670年の焼失後の再建であるということは定説となっている。
ただし、皇極天皇2年（643年）の上宮王家（聖徳太子の家）滅亡後、誰が西院伽藍を再建したのかなど、再建の事情については謎も多い。焼失前の旧伽藍（いわゆる「若草伽藍」）は、現存の西院伽藍の位置ではなく、かなり南東寄りに位置していた。また、現存の西院伽藍がほぼ南北方向の中軸線に沿って建てられているのに対し、旧伽藍の中軸線はかなり北西方向に傾斜している。さらに、現・西院伽藍の建つ土地は、尾根を削り、両側の谷を埋めて整地したものであることがわかっており、なぜ、大規模な土木工事を行ってまで伽藍の位置や方位を変更したのかは定かでない。
再建時期についても明確な記録はないが、現存の西院伽藍の建築を見ると、細部の様式などから、金堂がもっとも年代が上がり、7世紀末、持統天皇の頃の建立と考えられている。五重塔がそれに続き、中門、回廊はやや遅れての建築と見られる。『法隆寺伽藍縁起并流記資財帳』によれば、中門の仁王像や五重塔初層安置の塑造彫刻群は和銅4年（711年）の制作とあり、この頃には西院伽藍全体が完成していたと考えられる。なお、平安時代に書かれた『七大寺年表』には和銅年間に法隆寺が建てられた、とある。
一方、八角堂の夢殿を中心とする東院伽藍は、天平10年（738年）頃、行信僧都が斑鳩宮の旧地に太子をしのんで建立したものである。
延長3年（925年）には西院伽藍のうち大講堂、鐘楼が焼失し、永享7年（1435年）には南大門が焼失するなど、何度かの火災に遭ってはいるが、全山を焼失するような大火災には遭っておらず、建築、仏像をはじめ各時代の多くの文化財を今日に伝えている。
近世に入って、慶長年間（17世紀初頭）には豊臣秀頼によって、元禄〜宝永年間（17世紀末〜18世紀初頭）には江戸幕府5代将軍徳川綱吉の生母桂昌院によって伽藍の修造が行われた。
近代に入ると、廃仏毀釈の影響で寺の維持が困難となり、1878年（明治11年）には管長千早定朝の決断で、聖徳太子画像（唐本御影）をはじめとする300件余の宝物を当時の皇室に献納し、金一万円を下賜された。これらの宝物は「法隆寺献納宝物」と呼ばれ、その大部分は東京国立博物館の法隆寺宝物館に保管されている。
1934年（昭和9年）から「昭和の大修理」が開始され、金堂、五重塔をはじめとする諸堂宇の修理が行われた。「昭和の大修理」は第二次世界大戦を挟んで半世紀あまり続き、1985年（昭和60年）に至ってようやく完成記念法要が行われた。この間、1949年（昭和24年）には修理解体中の金堂において火災が発生し、金堂初層内部の柱と壁画を焼損した。このことがきっかけとなって、文化財保護法が制定されたことはよく知られる。1950年に法相宗から独立した
